Le Mew Mew sono cinque giovani paladine della giustizia. La protagonista è Strawberry, una simpatica ragazza di quasi 14 anni, che viene coinvolta in una vicenda più grande di lei. Durante il suo primo appuntamento con Mark, ad una mostra sugli animali in via d'estinzione (Red Data Animal), viene colpita da un misterioso raggio che trasferisce nel suo patrimonio genetico il DNA di una specie molto rara di Gatto Selvatico. Da quel momento Strawberry è in grado si trasformarsi in MewBerry. I responsabili dell'accaduto sono due ragazzi, Ryan e Kyle, che invitano Strawberry nel loro locale, il Café Mew Mew, il quale serve come copertura per il loro importantissimo progetto segreto: Il Progetto Mew.
I ragazzi le spiegano che degli extraterresti stanno minacciando la Terra e che solo la formazione di una squadra di super-eroine, le Mew Mew, potrà contrastarli ed evitare la distruzione della razza umana. Ogni componente del gruppo è stata selezionata perché idonea a ricevere il DNA di alcune specie di animali in via d'estinzione, come è accaduto ad Strawberry, grazie al quale può trarre i poteri e la forza necessari ad affrontare e combattere i nemici. Il gruppo è formato da cinque elementi e Strawberry avrà il compito di scovare e radunare le quattro ragazze mancanti: la benestante Mina, la timida Lory, l'esuberante Paddy, e la famosa modella Pam. Quello che è certo è che in città sono comparse delle creature mostruose e dalle preoccupanti potenzialità distruttive, chiamate Chimeri, frutto della fusione tra la forza vitale di un animal (o un umano) ed un alieno-parassita simile ad una medusetta. La loro apparizione è opera dell'alieno Ghish. Questi assiste ed esegue gli ordini di Profondo Blu, un'entità misteriosa di cui all'inizio sentiamo solo la voce, che considera gli umani esseri inferiori ed un ostacolo ai suoi oscuri piani.
Le Mew Mew intervengono di volta in volta a sventare le offensive di Ghish, rammaricato di non poter soddisfare le aspettative del suo leader, ma allo stesso tempo sempre più attratto dall'abilità delle sue nemiche, in particolar modo di Strawberry/MewBerry, della quale finisce per innamorarsi. La lotta continua tra le Mew Mew e gli alieni, e si aggiungono nuovi nemici: Pie e Tart, due alieni amici di Ghish. A questo punto della storia allora farà la sua apparizione il "Cavaliere Blu", un personaggio un po' enigmatico di cui non si sa nulla, e apparentemente per metà alieno e per metà umano che accorre a proteggere Strawberry nei momenti di pericolo, sostenendo che questo è il suo compito. Nel frattempo si fa sentire sempre di più la presenza e l'esistenza dell' Acqua Cristallo (o Acqua Mew), un misterioso cristallo che tutti desiderano ma la cui ubicazione è a tutti sconosciuta. Esso potrebbe rivoltare le sorti della battaglia, permettendo alle Mew Mew di salvare il pianeta, oppure agli alieni di dare via al tanto agognato risveglio di Profondo Blu, il cui potere sarebbe definitivamente in grado di spazzare via la razza umana, permettendo agli alieni di tornare sulla Terra.
